Głównym obszarem działalności badawczej prof. dr hab. Joanny Stefańskiej są poszukiwania odnoszące się do relacji przestrzeni architektonicznej i sztuki oraz badanie wpływu tych zależności na  percepcję dzieła plastycznego. Jest autorką artykułów i monografii naukowych, w których zajmuje się  problematyką związaną z artykulacją przestrzeni wystawienniczych w aspekcie prezentacji sztuki. 
W swoich opracowaniach naukowych odnosi się do sposobów formułowania przekazu artystycznego oraz poszukiwania i analizy czynników determinujących oddziaływanie dzieł plastycznych 
w kontekście przestrzeni wystawienniczej. 
Tworzy w zakresie malarstwa, rysunku, grafiki cyfrowej, a także architektury wnętrz 
i wystawiennictwa. W autorskich działaniach artystycznych uwzględnia aspekt site-specific oraz intermedialne poszukiwania z wykorzystaniem obiektu, fotografii, filmu i technologii cyfrowych. 
W swoich realizacjach wskazuje na istotną rolę łączenia mediów oraz potrzebę wykraczania poza fizyczne granice obrazu, traktując działanie artystyczne w kategorii zjawiska przestrzennego. Istotnym elementem jej praktyki artystycznej jest organizacja przestrzeni wystawienniczych w kontekście poszukiwania optymalnych rozwiązań dla prezentacji obiektów sztuki ze szczególnym uwzględnieniem działań site-specific jako przykładu synergii przestrzeni architektonicznej i sztuki.
Swoje prace prezentowała na 34 wystawach indywidualnych i ponad 100 wystawach zbiorowych zrealizowanych w kraju i za granicą, m.in. : w Belgii, Czechach, Grecji, Japonii, Niemczech i we Włoszech. Jest laureatką nagród i wyróżnień artystycznych, stypendystką Ministra Kultury i Sztuki. Pełniła funkcję recenzenta w dwudziestu postępowaniach habilitacyjnych przeprowadzonych 
w dziedzinie sztuki, w dyscyplinie sztuki plastyczne i konserwacja dzieł sztuki. Promotor prac doktorskich. Jest organizatorką i kuratorką wystaw i wydarzeń artystycznych, warsztatów 
i sympozjów. Od 2020 r. pełni funkcję wicedyrektora Instytutu Architektury Wnętrz i Wzornictwa Przemysłowego na Wydziale Architektury Politechniki Poznańskiej.